中世纪时期
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主条目：神圣罗马帝国旗
德意志民族神圣罗马帝国（1410——1806阿尔特多弗尔·阿尔布雷特作品）
神圣罗马帝国（10世纪到1806年，1512年后被称为：德意志民族神圣罗马帝国）并没有专用国旗，但是黑色和金色是神圣罗马皇帝的代表色，并常常被用于他们的标志：金色的背景上的一只黑色的老鹰；关于这个标志的最早记录为海德堡马内塞古抄本。在13世纪后期或14世纪早期之后，鹰的爪和嘴被染为红色（纹章学中被称做：金底红爪黑鹰，黑－红－金三色搭配第一次用在国家标志上）。15世纪初期开始，双头鹰开始被使用。[11]
1804年拿破仑一世成立法兰西第一帝国。为了和其抗衡，哈布斯堡王朝的神圣罗马皇帝弗朗茨二世宣布他的个人领地为奥地利帝国并自称为奥地利的弗朗茨一世。而奥地利帝国的国旗也就使用和神圣罗马帝国的标志一样的黑色和金色。由于拿破仑于1806年强迫帝国解散，弗朗茨二世是神圣罗马帝国的最后一位皇帝。之后奥地利国旗到1918年为止一直是黑色和金色的。
红色和白色在这段时期也常常被当成德国的代表色。当神圣罗马帝国参加十字军东征的时候，除了黑－金的帝国标志外，还有红－白军队被使用。它被称为“圣乔治旗”, 红底白十字架。红－白色也曾是 汉萨同盟 （13到17世纪）的代表色。汉萨商船即以红白细长三角旗为他们的标志，而很多汉萨同盟的城市也以红白做为市旗的基本色。现在红－白仍然是很多前汉萨同盟城市，如汉堡或不来梅的代表色。
神圣罗马帝国“神圣罗马皇帝用军旗”（1200–1350）[12][13]
神圣罗马帝国到1401年前使用的标志
神圣罗马帝国1400年后使用的标志
拿破仑战争和德国解放战争时期
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于拉施塔特的德国历史自由运动纪念碑上展出的制服。
“吕佐夫志愿军中的耶拿学生”，费迪南德·霍德勒绘于是1909年
汉巴赫节使用的旗帜，金条在最上面（1832）
1806年神圣罗马帝国倒塌，很多前神圣罗马帝国的邦国加入了由拿破仑支配的莱茵邦联。当时邦联使用绿－白－蓝三色旗，表示它效忠于其“保护者”拿破仑一世。[14]
1813年由吕佐夫志愿军为主力的德国反对拿破仑的解放战争暴发。这只军队主要由反对法统德国的学生组成。他们是从德国各地自愿集中于普鲁士少将阿道夫·冯·吕佐夫的徽下，因此他们的军装是各式各样，为了统一，军服最终全部使用黑色。在加上金色（黄铜色）钮扣和红色的翻领和滚边后，正好和前神圣罗马帝国旗基色相同。[15]
这三种颜色的组合同时也成为了解放战争的格言：[16]
Aus der Schwärze (schwarz) der Knechtschaft durch blutige (rot) Schlachten ans goldene (gold) Licht der Freiheit.
从被奴役的黑暗（黑色）中借由流血（红色）的抗争得到自由的金色光芒。
耶拿学生社团旗帜为黑红金三色旗的起源
1813年6月17日名为“黑色猎手”的军队在莱比锡附近的Kitzen中了法军的埋伏，几乎全军覆灭。1815/6年的维也纳会议后德国成立了松散组织德意志邦联, 以团结在1806年神圣罗马帝国被废除后余下的德意志邦国，并以弗朗茨二世为其领袖。这个组织并没有自己的旗帜，虽然有人认为它也使用过黑-红-金三色旗。[17]1815年6月12日年由七名本身为吕佐夫志愿军成员同时又是耶拿高级学生联合会军队成员的学生领头，同其他爱国学生一起建立了耶拿的Burschenschaft（德语：Urburschenschaft）（学生社团，类似现今学生会，成立主旨是要消除当时大学里面，各德国邦联成员国学生各自成立组织，各自为政的分裂状况，而以学生社团做为共同的组织，成为当时校园里一种要求变革的学生运动，以“荣誉、自由、祖国”（Ehre, Freiheit, Vaterland）为口号，要求德意志统一、领邦立宪、新闻自由与一般民众参与政治的权利）。这七个学生选择黑-红-金作为学生社团的旗帜颜色，其造型是三条等宽的的红-黑-红的横条组成的三色旗，有金色的流苏以及在黑色的横条中间有金色的橡树枝标志。[15]。在宪法中提到：“在1817年的瓦尔特堡节，年轻人们不仅庆祝他们的喜悦同时也严肃的思考了生活的意义，因此他们选择了黑-红-金作为他们旗帜的颜色。”
为了纪念为期四天的莱比锡战役，约500名从不同德意志邦联的学生社团的学生和一些教授于1817年10月18日在“Nur im Ganzen ist Heil”（只有统一才是神圣）的口号下，高举黑-红-金旗帜（金色仅为流苏的颜色，旗杆为用黑色缎带环绕的橡树枝）集结于艾森纳赫附近的瓦尔特堡（瓦尔特堡节）争取德国的民主统一。奥地利帝国为了维持对德国的现状[18]，于1819年通过卡尔司巴德敕令，以对大学学术自由及出版言论自由加强控制，官方强制性结束了所有学生社团。
从1832年5月27日到30日，大约三万民众参加了为进一步民主统一的汉巴赫节，他们第一次使用了真正意义上的黑-红-金三色旗，中间红色部分上题字到“Deutschlands Wiedergeburt”（德国重生），充分表示了参与者要求建立真正统一的民族国家的意愿，这面旗被称为Ur-Fahne（起源旗），现在仍然在瓦尔特堡城堡上飘扬。[19]。同时代的插图中还显示了人们使用一种金-红-黑三色旗（恰好和黑-红-金三色旗上下颠倒）。
德意志邦联和法兰克福国民议会时期
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德意志1848年革命（1848年3月）
德意志邦联（1815–1866）期间黑-红-金三色逐渐确立了其作为国家代表色的地位。为了推翻君主制建立共和制的德国，1848年爆发的德意志1848年革命开始使用黑-红-金三色垂挂旗，在此期间举行的国家议会将国旗的设计作为讨论主题之一。1848年3月9日，于法兰克福最终决定开始官方使用黑-红-金三色旗。
1848年5月18日第一次德意志国民大会在法兰克福圣保罗教堂举行。1848年11月13日帝国法律公报宣布黑-红-金三色横条旗为德国国旗。[20]另外黑-红-金三色旗同样也是德国国民议会舰队（1848–1852）的军旗。
法兰克福国民议会用旗(1848–1866)
国民议会舰队专用军旗(1848–1852)
北德意志邦联和德意志帝国时期
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主条目：德意志帝国国旗 北德意志邦联(1867–1871)和 德意志帝国(1871–1918)国旗，也成被魏玛共和国用作外交用旗(1922–1933)
德意志帝国殖民统治时期的诺鲁国旗
德意志邦联中最有影响力的普鲁士，为了达到其控制整个德国的目的，于1867年建立了北德意志邦联。普鲁士王国首相奥托·冯·俾斯麦私下安排在于1867年7月1日分裂的德国宪法中使用一种新的军旗和贸易旗：黑-白-红三色旗。这三种颜色最早是由汉堡商会的秘书Adolf Soetbeers博士在1866年9月22日的不莱梅商业报纸的一篇文章中提议的：理论上当时德国所有的国际海上贸易是同时属于普鲁士和汉萨同盟的，所以这些商船都应该使用一个统一的既代表普鲁士（黑-白）又代表汉萨同盟（红-白）的标志。1867年12月22日俾斯麦在北德意志邦联第一宪法纲要中提出在国旗中使用这个颜色组合，1848年到1851年出任普鲁士海军部长的普鲁士亲王阿尔布雷希特也在同年12月25日对皇帝和王储的报告中推荐这个提议，因此1867年6月22日最终宪法中规定黑-白-红为国旗颜色。[21]官方解释为黑-白代表普鲁士，红-白则代表所有汉萨同盟的城市。
普鲁士皇帝，威廉一世，对这个颜色组合也非常满意，因为黑-白代表了普鲁士而红-白代表了勃兰登堡选帝侯[15]。黑-白-红三色旗的使用基本上没有得到反对，原本使用黑-红-金三色旗的首要目的也是为了德国的统一而不是因为其颜色的缘故，取消掉金色也同时说明当时的德国联邦不再包括奥地利帝国。在普法战争后，其他南德联邦和北德意志邦联联合，于1871年完成了德意志统一，霍亨索伦王朝成为新的德意志帝国的统治者，黑-白-红三色旗最终于1892年成为德意志帝国的国旗[22]，其一直被使用到1918第一次世界大战最后帝国的终结日。
普奥战争中奥地利帝国和其盟军仍然使用黑-红-金三色旗为军旗，之后的奥匈帝国也使用黑-红-金三色旗为其国旗。瓦尔德克公国，罗伊斯长系亲王国（黑-红-金三色横条旗）和罗伊斯幼系亲王国（黑-红-金三色竖条旗）也分别使用黑-红-金三色旗为其国旗。
魏玛共和国
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德国在第一次世界大战战败后于1919年8月14日成立了魏玛共和国，其再度启用黑-红-金三色旗为德国国旗，[23]因为其代表了德国的民主。而原来的黑-白-红三色旗根据魏玛宪法代表了君主独裁制，虽然作为国家标志得到保留，但是必须进行修改：在其左上角加上了黑-红-金三色旗。黑-红-金三色旗的推行在当时的德国引起了一场国旗斗争。君主主义者和纳粹主义者都赞同使用原本的黑-白-红三色旗并嘲弄黑-红-金三色旗为“黑-红-芥末”[注 2]。当时还有第三种国旗方案，即德国独立社会民主党在1918年德国十一月革命中使用的纯红色旗。
1919年7月3日关于选择德国国旗的最终投票在德国国会举行，黑-红-金三色旗以211票的同意、90票的反对获胜。对贸易用旗则达成了妥协，仍然使用黑-白-红三色旗为底色。1921年7月31日出台的第一部国旗法令更是具体规定了其他各种相关旗帜，其中包括五张以黑-红-金和五张以黑-白-红为底色的旗帜。这些复杂的法令并没有让任何人满意，他们仍然认为自己的观点才是德国真正的国旗。1922年，出于妥协，魏玛政府重新使用黑-白-红三色旗作为外交用旗。[8]
德国的贸易用旗一直到1933年仍然使用以黑-白-红三色旗为底色，左上角为黑-红-金三色旗的设计。而德国国防军也一直使用原来的黑-白-红军旗。很多纳粹主义政党，如德国国民党（如海报所示）和国家社会主义德意志劳工党（即纳粹党）一直沿用黑-白-红三色，现今德国的德国国家民主党也仍然坚持使用这三种颜色作为标志。
1924年2月24日，名为“黑红金国旗团”的组织在马格德堡成立，它是由魏玛联盟的组成政党：德国中央党（ZENTRUM），德国民主党（DDP），德国社会民主党（SDP）和德国工会组成。该组织的目的是在极右派和极左派的压力下保护代表民主的黑-红-金三色旗。通过这个组织的努力，黑-红-金三色旗不再仅仅是德国民主的象征，也同时成为反抗政治极端主义的标志。该组织的第一任主席Otto Hörsing描述其任务为“同纳粹万字和苏联红星搏斗”。[24]
由于纳粹党的崛起，以及极右翼主义的人数不断增加以及其他各种因素，魏玛共和政府最终于1933年被纳粹夺权，由阿道夫·希特勒出任德国总理。
魏玛共和国国旗(1919–1933)
帝国旗帜黑-红-金在斯托克海姆的地方联合会会旗
德国以北欧十字为基础设计的国旗草案
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1919年左右的一种德国国旗草案
1944年左右的一种德国国旗草案
7月20日密谋案主使提出的德国国旗草案
纳粹时期
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主条目：纳粹德国国旗
1933年开始的纳粹德国时期纳粹主义者将自己党派的“卐字旗”和旧帝国的“黑-白-红”三色旗共同作为德国国旗。阿道夫·希特勒拟定了纳粹的很多标志，卐字旗是他于1920年夏天作出的设计。他在《我的奋斗》中提到，一个施塔恩贝格的牙医，据推测可能是Friedrich Krohn，曾做了一个相似的设计，这个设计给了他灵感。卐字旗基本使用旧帝国国旗的色调，因为希特勒认为“这些尊贵的颜色表达了我们对给我们德意志民族带来了无限荣耀的光荣过去的尊重。”更重要的是“新的旗帜...必须具有如同海报的强大号召力” 因为“成百上千的事实说明一个真正醒目的标帜会成为一场运动成功的第一要素。”[25]希特勒描述道：红色代表了革命的“社会思想”，白色代表了纳粹主义和高尚的纯种（希特勒心目中的纯种德国雅利安人），黑色的卐字代表了针对世界的“让雅利安人崛起的战斗任务”。
3:5 德国国旗、商船旗（1933–1935）
3:5 德国国旗、商船旗、战舰艏旗（1935–1945）
当时世界上很多地方卐字为自己的标志，在20世纪30年代，爱沙尼亚，拉脱维亚，瑞典、芬兰和印度都使用过以卐字为标志的旗帜。
从1933到至少1938年纳粹党常常为了将卐字旗神化，在其使用前将其和纳粹在1923年啤酒馆政变中使用的名为“血旗”（Blutfahne）的卐字旗接触，这个仪式在每一届的纽伦堡集会中都有举行。纳粹党中的一些成员认为，卐字只有“纯种的雅利安”血统才可以使用，卐实际上是由德语的Schutzstaffel（党卫队）缩写成SS再转化为两个闪电型的字母S合并而成 [来源请求]，也是源自雅利安人传统代表神圣和吉祥的标志。
海上用旗悬挂方法
1933年3月12日帝国总统保罗·冯·兴登堡在其公告中确定，从这一天开始“第三帝国”只能使用两种国旗：旧帝国的黑-白-红三色旗和卐字旗。[26][27]两面旗理论上应该同时使用。内务部长威廉·弗利克在1933年4月29日的公告中则再次补充，在贸易商船的船尾必须挂上黑-白-红三色旗，卐字旗则应该挂在信号旗的位置上。[28]
阿尔伯特·斯佩尔在他的回忆录开始写道“他（阿道夫·希特勒）只在两件其他的设计中表现了他对其消暑别墅伯格霍夫同样的热情：帝国战旗和希特勒的个人旗帜。”[29]
一个卐字偏离中心的卐字旗设计被应用于德国军舰。[30]这面国旗背面的卍字是右旋的，因为海上用的旗帜都是“透染”的，也即是左旋的颜色透染到了背面变为右旋的。[31]
1935-1938年的德国军舰旗
1938-1945年的德国军舰旗
元首旗
描绘1935年7月26日反纳粹示威者攻击停靠在美国纽约港的不莱梅号的插图
1935年9月15日颁布的《帝国国旗法》规定到，从这一天开始德国国旗只能是卐字旗（带右旋的卐字），不能再使用黑-白-红三色旗作为国旗。[32][33]赫尔曼·戈林以国会主席的身份在纽伦堡的一次谈话中解释了这个改变的原因[34]:
旧的国旗（指黑-白-红三色旗）饱含了荣誉，但是她只是代表了德国过去的荣誉。[…] 我们对旧的黑-白-红三色旗的尊重，妨碍了我们对这种旗帜隐含在胜利的标志下的反动意义的注意。[35]
禁止使用黑-白-红三色旗的一个比较公认的原因是于1935年7月26日发生在纽约的“不莱梅号事件”：在德国班轮“不莱梅号”在纽约港口靠岸时，一群“反纳粹游行”参与者爬上不莱梅号并将纳粹的卐字旗撕成碎片投入哈德逊河。四天后德国大使向美国政府投了封尖刻的抗议信，文中指出德国国旗被“玷辱”了。美国方面却以卐字旗只是纳粹党旗，而作为德国国旗的黑-白-红三色旗并没有受到损坏为理由推卸责任。这个事件最终让希特勒决定修改国旗法。[36]
二次大战后，盟军管制理事会的通过的第一项法令即是永久废除纳粹的所有标志。[37]欧洲许多国家，特别是德国，严禁卐字标志和卐字旗在公共场所张贴或发放。
盟军占领下的德国
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主条目：同盟国军事占领德国
二战战败后，德国遭到盟军占领。虽然当时已不存在任何德国政府和德国国旗，德国的船只在国际法的要求下必需一个国家标志。由于曾被用作德国的国家标志，国际信号旗中的C-信号旗被盟国管制理事会作为盟军占领下的德国的临时的国家标志。其设计为带燕尾的C-信号旗（英语：CC-Pennant，德语：C-Doppelständer）。理事会规定“这面旗帜不能够用于垂挂，也不可以挂在任何国家的战船和商船上，任何人不能对其进行任何致意的仪式。”[38]同理，日本在二战战后的盟军占领时期也只能使用带燕尾的E-信号旗作为国家标志。
在奥德河-尼斯河线以西的德国联邦州在分别为英、美、法、苏四国盟军统治，并建立了新的联邦州政府。在美军统治区，原符腾堡自由人民州和巴登共和国的北半部地区于1946年合并为符腾堡-巴登州。符腾堡-巴登州使用黑-红-金三色旗为州旗。[39]选择这三种颜色并不是基于三色旗的历史意义，而是简单的将金色和代表符腾堡州的红色和黑色放在一起，[40]因为巴登州的代表色正好是红色和黄色。1952年，符腾堡-巴登归入了现在德国的巴登-符腾堡州，其州旗改成黑色和金色。
战后德国还成立了两个新的联邦州：莱茵兰-普法尔茨（法国占领区）和下萨克森（英国占领区），它们也选择黑-红-金三色旗为州旗，这三种颜色也和它们的纹章颜色相同。[41][42]这两个州都是从原来的一些联邦州中分出来的部分重新组合产生的，由于原来的州旗颜色无法合理搭配，所以只能使用其他方案。选择黑-红-金三色旗有两个主要原因：这三种颜色和组成它们的任何一个旧的联邦州都没有什么特殊的联系，而使用原来魏玛共和国的旗帜也标志了新的联邦德国。[43][44]
下萨克森邦旗
萨尔保护领旗
莱茵兰-普法尔茨州旗
东西两德
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参见：德意志民主共和国国旗
1955年世界拳击赛上的东德国旗（当时国旗中间没有东德国徽）
1973年9月，西德和东德国旗同时在联合国总部飘扬
由于苏联和美国关系的恶化，1948年3月，三个西方联盟英，美，法将其占领区合并并成立了德意志联邦共和国，即西德。随后，苏占区也成立了德意志民主共和国，即东德。
在准备西德的新宪法的过程中，于1948年8月在海伦基姆湖宫举行的一次会议中新的德国标志的制定被提上了议程。虽然有提议在德国统一前不要制定新的德国国旗，但由于1946年11月德国统一社会党的大力推荐[45]，最终通过了使用黑-红-金三色旗作为共和国国旗的决议。[46]
当时西德对国旗有好几种设计方案，[47]最后的是决定在两个都是用黑-红-金为基色的设计中作出的：德国统一社会党推荐再度启用原魏玛共和国国旗，而保守党派基民盟/基社盟和德意志党则推荐使用由议会委员会成员恩斯特·威尔迈尔和后来成为联邦总理的康拉德·阿登纳共同设计的带十字架的国旗方案。约瑟夫·威尔迈尔则于1944年也设计了一款和他兄弟设计的旗帜十字架颜色相反的国旗。[48]最后，黑-红-金三色旗以绝对多的票数获胜，因为其更能阐述新的德国联邦和魏玛共和国之间的持续性。根据1949年5月23日颁布的西德宪法黑-红-金三色旗正式成为德意志联邦共和国国旗。[2]
约瑟夫·威尔迈尔（德语：Josef Wirmer）方案（1944年）
恩斯特·威尔迈尔（德语：Ernst Wirmer）方案（1948年）
基民盟方案（1948年）
罗伯特·莱尔（德语：Robert Lehr）基于美国国旗的方案（1948年）
保罗·温特斯基（德语：Paul Wentzcke）基于法国国旗的方案（1948年）
埃德温·雷德斯洛布（德语：Edwin Redslob）方案，白条象征德国的分裂（1948年）
1955年，法统萨尔保护领的居民投票加入西德，[49]因为其于1947年成为法国的一个独立的保护国，因此萨尔保护领的旗帜是由蓝红色的底色加上白色的北欧十字组成。[50]为了表示其从此成为西德的一部分，1956年7月9日萨尔保护领启用了新的旗帜：中央有萨尔纹章的黑-红-金三色旗。[51]1957年1月1日开始，这面旗帜也成为了新的联邦州萨尔的州旗。
1946年起苏联统治区开始考虑使用黑-红-金三色旗，并于1948年的第二次人民大会开始对是否启用黑-红-金三色旗作为东德国旗开展了讨论。这项提议是基于二战最后两年的苏联的一个反纳粹的组织自由德国民族委员会对黑-白-红三色的使用。[47]根据弗里德里希·艾伯特的提议，1949年10月7日黑-红-金三色旗正式成为德意志民主共和国国旗。[52]在1949年到1959年期间，东德和西德的国旗理论上是完全相同的，但从1959年10月1日开始，东德政府在黑-红-金三色旗的中间加上了德意志民主共和国国徽。[53]在西德方面看来，东德的这个举动是蓄意加深两德的分裂，因此在西德和西柏林这个旗帜被称为“分裂之旗”。
从1956年到1964年，东西德共同以一支名为德国统一代表队的代表队参加了冬季和夏季奥林匹克运动会，由于东德在1959年改变了国旗后，东西德间都不承认对方的国旗，因此作为妥协，1960年到1968年间在由东西德共同参加的运动会上使用的德国代表队旗帜是以黑-红-金三色旗为底，红色横条中央有白色的奥林匹克五环的设计。
3:5 德意志联邦共和国国旗（1949–1990）
3:5 德意志民主共和国国旗（1949–1959）
3:5 德意志民主共和国国旗（1959–1990）
德国统一代表队旗（1960-1968）
1989年至今
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“统一之旗（德语：Fahne der Einheit）”：1990年10月3日在国会大厦前升起的德国国旗
2006年世界杯足球赛上的德国球迷，一些国旗上有德国国徽
2005年新纳粹慕尼黑大游行
1989年11月柏林墙倒塌后，很多东德人效仿1956年匈牙利人的做法去掉东德国旗上的国徽。随后东德人转而倾向于使用单纯的黑-红-金三色旗为国旗，这也隐含了东西德同时希望恢复一个统一和民主的德国。最终在1990年10月3日，德意志民主共和国并入德意志联邦共和国，黑-红-金三色旗成为了统一的德国的旗帜。1998年德国联邦政府成立了统一社会党专制评鉴联邦基金会（英语：Bundesstiftung zur Aufarbeitung der SED-Diktatur），其标志是移除东德国徽的三色旗。[54]
旧的德意志帝国黑-白-红三色旗仍为一些君主主义者及一些希望能和平复辟的旧德国贵族所使用。[55]不过这些使用者完全被遮盖在极右派的阴影之下，因为卐字旗在德国完全禁用，因此极右派也使用纳粹在1935年使用过的黑-白-红三色旗为自己的标志。[33]由于德国和其他一些国家对纳粹标志的禁令，很多以二战为背景的游戏中不会使用卐字旗，中心改为十字图案而是使用一些1918前的德国国旗或现在的黑-红-金三色旗作为代替。